🖥️ 服务器使用手册

全面的服务器配置指南、使用技巧和最佳实践，助您高效进行科学计算

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连接指南

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SLURM作业调度系统使用

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VASP使用

VASP计算软件配置指南

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性能优化

计算效率提升技巧

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常见问题解决方案

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技术支持

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🖥️ 服务器配置规格

我们提供多种配置的高性能计算服务器，以满足不同规模的科学计算需求。

🚀 GPU加速型

CPUIntel E5 2697 V4
GPU4×NVIDIA V100 16GB
内存128GB DDR4-2400
存储100T
网络InfiniBand HDR

⚡ CPU密集型

CPU2×Intel 8259CL
核心数48核心/96线程
内存192G DDR4-2666
存储100T
网络InfiniBand HDR

💾 大内存型

CPUAMD EPYC 7742X2
核心数128核心/256线程
内存256G DDR4-2666
存储100T
网络InfiniBand HDR

🌐 集群节点

节点数56个计算节点
总核心1800+ CPU核心
总内存100TB+ 系统内存
互联网络InfiniBand HDR
存储100TB+ 共享存储

99.9%

系统可用性

300+

并发用户

12/7

技术支持

100TB

存储容量

⚙️ 系统环境配置

🐧 操作系统

发行版CentOS 8 / Ubuntu 22.04
内核版本Linux 5.4+
容器Docker / Singularity
调度器SLURM 21.08

🔧 编译器套件

GCC11.2.0
Intel OneAPI2022.1
CUDA11.7
OpenMPI4.1.1

📚 数学库

Intel MKL2022.1
FFTW3.3.10
ScaLAPACK2.2.0
cuBLAS11.7

🧪 科学软件

VASP6.4.1 (GPU版本和CPU)
Quantum ESPRESSO7.1
LAMMPS2024.06.23
Python3.9 + 科学计算包

🔗 服务器连接指南

获取账号信息

联系客服获取您的专属账号信息，包括用户名、初始密码和服务器IP地址。

账号格式：用户名通常为您的姓名拼音或指定的用户ID，密码需要在首次登录后修改。

SSH客户端配置

推荐使用以下SSH客户端连接服务器：

Windows：PuTTY、MobaXterm、Windows Terminal
macOS/Linux：Terminal内置ssh命令
图形界面：VS Code Remote SSH插件

建立SSH连接

使用以下命令连接到服务器：

# 基本连接命令
ssh username@server-ip

# 指定端口连接
ssh -p 22 username@server-ip

# 使用密钥认证
ssh -i ~/.ssh/private_key username@server-ip
                    

密钥认证设置（推荐）

为了提高安全性，建议使用SSH密钥认证：

# 生成SSH密钥对
ssh-keygen -t rsa -b 4096 -C "your_email@example.com"

# 上传公钥到服务器
ssh-copy-id username@server-ip

# 或手动添加公钥
cat ~/.ssh/id_rsa.pub >> ~/.ssh/authorized_keys
                    

安全提醒：首次登录后请立即修改密码，并启用密钥认证。避免使用弱密码，定期更新认证信息。

📊 SLURM作业管理系统

我们使用SLURM (Simple Linux Utility for Resource Management) 作为作业调度系统，提供高效的资源管理和作业调度。

查看系统状态

# 查看所有节点状态
sinfo

# 查看队列信息
squeue

# 查看我的作业
squeue -u $USER

# 查看节点详细信息
scontrol show nodes
                    

提交作业

创建SLURM作业脚本提交计算任务：

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=vasp_calc
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=32
#SBATCH --time=24:00:00
#SBATCH --partition=compute
#SBATCH --output=vasp_%j.out
#SBATCH --error=vasp_%j.err

# 加载必要的模块
module load intel/2022.1
module load vasp/6.3.2

# 运行VASP计算
mpirun -np 32 vasp_std
                    

# 提交作业
sbatch job_script.sh
                    

作业管理命令

# 取消作业
scancel JOB_ID

# 查看作业详情
scontrol show job JOB_ID

# 查看作业资源使用
sacct -j JOB_ID --format=JobID,JobName,Partition,Account,AllocCPUS,State,ExitCode

# 交互式作业
srun --pty -n 1 -t 2:00:00 /bin/bash
                    

作业优先级：系统根据用户历史使用情况、作业大小和等待时间动态调整作业优先级，确保资源公平分配。

🧪 VASP计算软件使用指南

环境配置

# 加载VASP模块
module load intel/2022.1
module load vasp/6.3.2

# 检查可用的VASP版本
module avail vasp

# 查看已加载模块
module list
                    

准备输入文件

VASP计算需要以下四个基本输入文件：

POSCAR：原子位置和晶格参数
POTCAR：赝势文件
INCAR：计算参数设置
KPOINTS：k点网格设置

典型INCAR参数设置

# 基本DFT计算
SYSTEM = Si bulk calculation
ISTART = 0
ICHARG = 2
ENCUT = 520
EDIFF = 1E-6
EDIFFG = -0.01
NSW = 100
IBRION = 2
ISIF = 3
ISMEAR = 0
SIGMA = 0.05
                    

GPU加速设置

对于GPU节点，可以使用GPU加速版本的VASP：

# 加载GPU版本VASP
module load cuda/11.7
module load vasp-gpu/6.3.2

# SLURM脚本GPU设置
#SBATCH --gres=gpu:4
#SBATCH --partition=gpu

# 运行GPU版本
mpirun -np 4 vasp_gpu
                    

💡 性能提示

合理设置NCORE参数以优化并行效率
大体系计算建议使用GPU加速
调整KPAR参数进行k点并行
使用LREAL=Auto加速大体系计算

📁 文件管理

定期备份重要计算结果
使用合理的目录结构组织文件
清理临时文件释放存储空间
压缩大文件以节省空间

⚡ 性能优化建议

🚀 计算优化

并行策略：合理设置MPI进程数和OpenMP线程数
内存使用：避免内存溢出，优化内存分配
I/O优化：减少频繁的文件读写操作
编译优化：使用优化编译选项

📊 监控工具

htop：实时系统资源监控
nvidia-smi：GPU使用状态监控
iostat：磁盘I/O性能监控
sacct：作业资源使用统计

⚙️ 系统调优

CPU亲和性：绑定进程到特定CPU核心
网络优化：调整网络参数提升通信效率
文件系统：选择合适的文件系统类型
缓存策略：优化系统缓存配置

🎯 最佳实践

基准测试：运行标准测试评估性能
参数调优：系统性测试不同参数组合
负载均衡：合理分配计算任务
定期维护：保持系统最佳运行状态

性能评估：建议用户在正式计算前进行小规模测试，评估不同参数设置的性能表现，选择最优配置。

🔧 常见问题与故障排除

❓ 无法连接到服务器

可能原因：

网络连接问题
服务器维护中
防火墙阻止连接
账号信息错误

解决方法：

检查网络连接状态
验证服务器IP和端口
确认用户名和密码
联系技术支持确认服务器状态

❓ 作业一直处于等待状态

可能原因：

资源需求超过可用资源
队列中有优先级更高的作业
作业脚本存在错误
账户资源配额不足

解决方法：

# 查看作业状态和原因
squeue -j JOB_ID -o "%.18i %.9P %.8j %.8u %.2t %.10M %.6D %R"

# 查看详细作业信息
scontrol show job JOB_ID
                    

❓ VASP计算出现错误

常见错误类型：

内存不足：减少并行进程数或增加内存申请
收敛困难：调整电子步收敛参数
k点错误：检查KPOINTS文件格式
赝势问题：确认POTCAR文件完整性

调试方法：

# 检查输出文件
tail -50 OUTCAR

# 查看错误信息
grep "ERROR" OUTCAR

# 监控计算进度
grep "LOOP+" OUTCAR
                    

❓ 磁盘空间不足

解决步骤：

清理临时文件和缓存
压缩不常用的数据文件
删除重复或无用文件
申请额外存储空间

# 查看磁盘使用情况
df -h

# 查看目录大小
du -sh *

# 清理临时文件
find . -name "*.tmp" -delete
                    

💬 技术支持服务

我们提供全天候专业技术支持，确保您的科学计算工作顺利进行。

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远程协助

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性能优化指导
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L1基础支持：连接问题、密码重置、基本使用指导
L2技术支持：软件配置、作业调试、性能分析
L3专家支持：复杂问题诊断、定制化解决方案

联系前准备

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提供相关的错误信息和日志
说明使用的软件版本和配置
描述已尝试的解决方法

服务承诺：我们承诺为每位客户提供专业、及时的技术支持，确保您的科学研究工作不受技术问题影响。